procédure de reclassement, reprise du salaire initial et RTT

Bonjour,

En tant que salariée, je bénéficiais d"une prime de RTT mensuelle. J'ai été en arrêt-maladie pendant plusieurs mois. Pendant cette période, j'ai d'abord continué à percevoir cette prime puis au bout de quelques mois, elle a disparu de mes bulletrins de salaire, sachant que jétais en conflit avec mon supérieur dans le cadre d'une procédure de reclassement et qu'il a commencé à intervenir sur mes salaires pour des motifs non fondés et variés. D'où plusieurs questions relatives aux RTT :

- la suppression de ma prime de RTT durant mon arrêt-maladie était-elle légale ?

Par ailleurs, mon supérieur  ne s'impliquant absolumment pas dans la procédure de reclassement, j'ai organisé moi-même la seconde visite de reprise auprès du médecin du travail et le médecin généraliste a décidé de ne plus poursuivre l'arrêt-maladie 31 jours plus tard. J"ai contacté mon supérieur quelques jours avant la date buttoire pour ne pas le mettre devant le fait accompli et afin qu'il prenne ses responsabilités. Or, il a très mal réagi me menaçant de ne pas reprendre, au besoin, le versement de mon salaire initial si  je ne poursuivais pas l'arrêt-maladie. Je n'ai pas cédè à son chantage.
Un mois après la seconde visite de reprise, je n'étais ni reclassée, ni licenciée . Mais contre toute attente, l'entreprise m'a versé mon salaire initial. A compter de cette date, pour rappel, je n'étais olus en arrêt-maladie mais en attente de recevoir une première proposition de reclassement ( ou à défaut d'être licenciée, même si je n"envisageais pas, pour ma part, cette éventualité ). 
Or, à partir du 1er jour du versement de ce salaire initial jusqu'à la date à laquelle  il a cessé de me le verser ( date d'ailleurs que je conteste ...). je n'ai pas bénéficié de ma prime de RTT.

Quelles étaient les obligations de l'entreprise au regard du versement de mon salaire initial  et de la gestion des RTT ? L'expression " salaire initial " ne signifie-t-elle pas que les primes sont incluses ?

Par ailleurs, comment sont traités les congés payés durant la période de versement du salaire initial hors période arrêt-maladie mais aussi pendant un arrêt-maladie survenu durant cette ériode de versement du salaire initial , puisque j'ai vécu les deux situations ?

D'avance, je vous remercie de votre aide.

Cordialement.

Marie