Arrêt de travail dans la fonction publique : tout savoir sur le délai de carence

Actualité : 

À la fin du mois d'octobre 2024, le ministre de la Fonction publique, de la Simplification et de la Transformation de l’action publique Guillaume Kasbarian a fait part de sa volonté d'allonger le délai de carence applicable aux fonctionnaires en arrêt maladie, afin d'aligner leur régime sur celui des salariés du secteur privé. Tout le détail de cette nouvelle annonce ci-dessous ! 

Arrêt maladie des fonctionnaires : quel nombre de jours de carence a vocation à s'appliquer ?

Rappel du nombre de jours de carence dans le secteur privé

Pour rappel, dans le secteur privé, le délai de carence pour percevoir les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) en cas d'arrêt maladie est de 3 jours (sauf convention collective prévoyant des dispositions plus favorables) (1).

Concrètement, cela signifie que le salarié en arrêt ne perçoit d'IJSS qu'à compter du 4ème jour d'incapacité de travail.

🔍 Sur le sujet, consultez notre actualité dédiée : Arrêt maladie, délai et jours de carence : vos droits et la procédure

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Arrêt de travail des fonctionnaires : jour de carence unique et point de départ de l'indemnisation des agents

Ce délai de 3 jours n'a toutefois pas vocation à s'appliquer dans la fonction publique. 

Dans ce secteur particulier, le délai de carence applicable n'est en effet que de 1 jour  (2).

Bon à savoir :

Le jour au titre duquel s'applique le délai de carence correspond à la date du premier jour à compter duquel l'absence de l'agent à son poste de travail est justifiée par un avis d'arrêt de travail établi par un médecin.

À noter : ce jour unique de carence a été réintroduit par la Loi de finances pour 2018 (2).

Selon une étude INSEE de juillet 2024, l'instauration de ce premier jour de carence a permis de réduire de 23 % la fréquence des absences dans l'Éducation nationale (3).

💡 En cas de maladie, les agents publics bénéficient donc, depuis le 1er janvier 2018, du maintien de leur traitement indiciaire (rémunération) à compter du 2ᵉ jour de l'arrêt maladie (2).

Exceptions : cas dans lesquels le jour de carence ne s'applique pas dans la fonction publique

Il existe néanmoins des situations dans lesquelles le jour de carence n'a pas vocation à s'appliquer. 

Tel est ainsi le cas (liste non exhaustive) (2) : 

• lors du 2ᵉ arrêt de travail lorsque :
  • l'agent n'a pas repris le travail plus de 48 heures entre les 2 arrêts maladie ;
  • et que les 2 arrêts de travail ont la même cause ;
• en cas de congé de longue maladie ;
• en cas de congé de longue durée ;
• en cas de congé de grave maladie ;
• en cas de congé pour accident de service ou accident du travail et maladie professionnelle ;
• en cas de congé de maladie accordé à la suite d'un premier congé de maladie au titre d'une même affection de longue durée (ALD), pour une période de 3 ans à compter de ce premier congé.

Nombre de jour(s) de carence dans la fonction publique : historique du débat et nouvelles mesures annoncées pour 2025

La question du nombre de jours de carence dans la fonction publique fait débat depuis longtemps. 

Le Sénat depuis longtemps favorable à l'allongement du délai de carence, contre l'avis des députés et des Gouvernements précédents

À l'occasion de l'examen du Projet de loi de finances pour 2020, les sénateurs avaient adopté un amendement visant à porter le délai de carence pour les congés de maladie des fonctionnaires de 1 jour à 3 jours. Cette mesure a néanmoins été supprimée par les députés lors de la nouvelle lecture du texte devant l'Assemblée nationale (4). 

Un nouvel amendement en ce sens, une nouvelle fois porté par le Sénat, avait refait surface lors des débats relatifs au projet de loi de finances pour 2024, mettant en avant les économies qui pourraient être réalisées grâce à cette mesure (5).

Selon les opposants à cet allongement, une telle mesure aurait certes pu contribuer à réduire l'absentéisme de courte durée, mais aurait rallongé, en guise de contrecoup, les arrêts de longue durée.

Le Gouvernement d'alors avait finalement retiré la mesure de la version finale du projet de loi de finances avant d'avoir recours à l'article 49.3 de la Constitution (6), estimant notamment que le rallongement des jours de carence n'était pas le meilleur outil pour lutter contre l'absentéisme.

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Les récentes annonces du ministre de la Fonction publique Guillaume Kasbarian, en octobre 2024

💡 Tout récemment, le nouveau ministre de la Fonction publique, de la Simplification et de la Transformation de l’action publique Guillaume Kasbarian a de nouveau remis le sujet sur la table, et fait part de sa volonté d'introduire, par voie d'amendement au projet de loi de finances (PLF pour 2025), un allongement du délai de carence chez les fonctionnaires en arrêt maladie, faisant passer celui-ci de 1 à 3 jours. 

À l'appui de son projet, le ministre a évoqué l'inquiétant nombre de jours d'absence en moyenne sur l'année dans la fonction publique par rapport au secteur privé. 

Dans la même lignée, le Gouvernement a annoncé souhaiter limiter le remboursement des congés maladie à 90 % pour les arrêts de 3 jours à 3 mois, contre 100% aujourd’hui. 

Notez que ces 2 mesures dites "de responsabilité" s'inscrivent dans le cadre du plan de lutte contre l'absentéisme dans la fonction publique que le ministre a récemment dévoilé (7). 

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