Arrêt de travail dans la fonction publique : tout savoir sur le délai de carence

Actualité : 

Depuis plusieurs mois, à l'occasion du Budget 2025, la question d'un allongement du délai de carence applicable aux fonctionnaires en arrêt maladie a ressurgi dans le débat politique, notamment sous l'impulsion de l'ex-ministre en charge de la Fonction publique, Guillaume Kasbarian. Le souhait étant d'aligner leur régime sur celui des salariés du secteur privé, afin de réaliser des économies. 
Plus de détail au sein de cette partie "Nombre de jours de carence dans la fonction publique : historique du débat et nouvelles mesures annoncées pour 2025".

Avant-propos : combien de jours de carence pour arrêt maladie ont vocation à s'appliquer dans le secteur privé ?

Avant d'aborder les règles applicables à la fonction publique, rappelons que dans le secteur privé, le délai de carence légal pour percevoir les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) en cas d'arrêt maladie est de 3 jours (1).

Concrètement, cela signifie que le salarié en arrêt ne perçoit d'IJSS qu'à compter de son 4ᵉ jour d'incapacité de travail.

🔍 Sur le sujet, consultez notre actualité dédiée : Arrêt maladie, délai et jours de carence : vos droits et la procédure

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Arrêt maladie dans la fonction publique : est-ce que les fonctionnaires ont un jour de carence ?

Arrêt de travail des fonctionnaires : jour de carence unique et point de départ de l'indemnisation des agents

Le délai de carence de 3 jours du secteur privé n'a toutefois pas vocation à s'appliquer dans la fonction publique. 

Dans ce secteur particulier, le délai de carence applicable n'est en effet que de 1 jour (dit "jour unique") (2).

Bon à savoir :

Le jour au titre duquel s'applique le délai de carence correspond à la date du premier jour à compter duquel l'absence de l'agent à son poste de travail est justifiée par un avis d'arrêt de travail établi par un médecin.

S'il avait été supprimé, le jour unique de carence a finalement été réintroduit par la Loi de finances pour 2018 à partir du 1er janvier de la même année (2).

💡 Bon à savoir : en somme, en cas de maladie, les agents publics bénéficient du maintien de leur traitement indiciaire (rémunération) à compter du 2ᵉ jour de l'arrêt maladie (2). Le premier jour n'est, quant à lui, pas rémunéré.

Quel impact sur les arrêts maladie au sein de la fonction publique ?

Selon une étude INSEE de juillet 2024, l'instauration de ce premier jour de carence a par exemple permis de réduire de 23 % la fréquence des absences dans l'Éducation nationale (3).

L'étude souligne cependant que "l’application du jour de carence est susceptible d’encourager les personnes malades à poursuivre leur activité professionnelle", et donc, d'entraîner une détérioration de leur état de santé (puisque ne se reposant pas), et, in fine, pourrait avoir un effet sur les dépenses publiques (aggravation de l'état des santés des victimes, etc.).

Dans quels cas le jour de carence ne s'applique pas dans la fonction publique ?

Il existe néanmoins des situations dans lesquelles le jour de carence n'a pas vocation à s'appliquer. 

Tel est ainsi le cas (2) : 

• lors du 2ᵉ arrêt de travail lorsque :
  • l'agent n'a pas repris le travail plus de 48 heures entre les 2 arrêts maladie ;
  • et que les 2 arrêts de travail ont la même cause ;
• en cas de congé de longue maladie ;
• en cas de congé de longue durée ;
• en cas de congé de grave maladie ;
• en cas de congé pour accident de service ou accident du travail et maladie professionnelle ;
• en cas de congé de maladie accordé à la suite d'un premier congé de maladie au titre d'une même affection de longue durée (ALD), pour une période de 3 ans à compter de ce premier congé ;
• en cas de congé maladie faisant suite à une interruption spontanée de grossesse ayant eu lieu avant la 22ᵉ semaine d'aménorrhée.

⚠ Attention ! La liste présentée ci-dessus n'est pas exhaustive.

Nombre de jours de carence dans la fonction publique : historique du débat et nouvelles mesures annoncées pour 2025

La question du nombre de jours de carence dans la fonction publique est objet de débat depuis plusieurs années, notamment dans l'objectif assumé de permettre à l'État de réaliser des économies. 

La position du Sénat, des députés et des gouvernements successifs sur l'allongement du délai de carence

Par exemple, à l'occasion de l'examen du Projet de loi de finances pour 2020, les sénateurs avaient adopté un amendement visant à porter le délai de carence pour les congés de maladie des fonctionnaires de 1 jour à 3 jours. Cette mesure avait ensuite été supprimée par l'Assemblée nationale (4). 

Un nouvel amendement en ce sens, une nouvelle fois porté par le Sénat, avait refait surface lors des débats relatifs au projet de loi de finances pour 2024, mettant en avant les économies qui pourraient être réalisées grâce à cette mesure (5).

Selon les opposants à cet allongement, une telle mesure aurait certes pu contribuer à réduire l'absentéisme de courte durée, mais aurait rallongé, en guise de contrecoup, les arrêts de longue durée. D'autres, au contraire, rappellent que les salariés du secteur privé ont certes un délai de carence plus long (3 jours), mais sont généralement couverts par des conventions collectives prévoyant des avantages en cas d'arrêt maladie (maintien de salaire dès le 1er jour, etc.).

Le Gouvernement d'alors avait finalement retiré la mesure de la version définitive du projet de loi de finances avant d'avoir recours à l'article 49.3 de la Constitution (6), estimant notamment que le rallongement des jours de carence n'était pas le meilleur outil pour lutter contre l'absentéisme.

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Le délai de carence et l'indemnisation de l'arrêt maladie en 2025

Plus récemment, l'ex-ministre de la Fonction publique, de la Simplification et de la Transformation de l’action publique Guillaume Kasbarian (du Gouvernement Barnier) a de nouveau remis le sujet sur la table, et fait part de sa volonté d'introduire, par voie d'amendement au projet de loi de finances (PLF pour 2025), un allongement du délai de carence chez les fonctionnaires en arrêt maladie. Son souhait, aligné sur les anciennes propositions, était de faire passer celui-ci de 1 à 3 jours. 

À l'appui de son projet, le ministre avait évoqué l'inquiétant nombre de jours d'absence en moyenne sur l'année dans la fonction publique par rapport au secteur privé. 

Ces 2 mesures dites "de responsabilité" s'inscrivaient dans le cadre du plan de lutte contre l'absentéisme dans la fonction publique que ce dernier avait dévoilé à la même occasion (7). 

Le nouveau ministre en charge de la Fonction publique, Laurent Marcangeli (Gouvernement Bayrou) n'a pas insisté sur l'utilité d'une telle mesure, et souhaiterait éviter de stigmatiser les agents publics.

À l'heure actuelle, l'allongement du délai de carence dans la fonction publique a été rejeté du débat (et du texte) concernant le budget 2025.

En revanche, l'indemnisation des arrêts maladies devrait passer de 100 % à 90 % du traitement pour les 3 premiers mois (puis 50 % du traitement pour les 9 autres mois, disposition inchangée) (8).

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