Indemnités journalières reprises par l'employeur - montant brut / net - double imposition?

Je suis agent contractuelle de la fonction publique d'Etat. En 2021, j'ai successivement été en arrêt maladie, mi-temps thérapeutique, congé pathologique et enfin congé maternité. Mon employeur me reprend la totalité des IJ versées par la CPAM, ce qui est logique puisque le montant de mon salaire est resté le même (la subrogation n'a été mise en place qu'en janavier 2022). Mais le montant repris est celui qui correspond au total brut des IJ et non à celui qui m'a effectivement été versé par la CPAM puisque des cotisations sociales sont déduites de ces IJ. Au bout du compte, mon employeur a donc saisit directement sur mon salaire des sommes plus élevées que celles que j'ai touchées. Est-ce normal?

D'autre part, puisque les IJ sont soumises à la CSG et RDS, n'y a-t-il pas alors une double imposition dans la mesure où cela s'ajoute à mes revenus qui sont bien évidemment imposés à la source? 

Merci d'avance pour vos éclairages!