Divers problème dont le salaire

Je suis actuellement vendeur, au début mon patron le payé mes commissions normalement sous l'intitulé commission sur ma fiche de paie, je me suis aperçu que depuis plus d'un an celui-ci nous paye en prime PEPA (il me semble la prime Macron) au lieu des commissions... 

Est-ce légal ? Car auprès des organismes par exemple ceux-ci ne prennent en compte les primes PEPA pour un demande de crédit par exemple...
Nous avons d'ailleurs remarqué de nombreuses petites choses pas très net avec notre employeur.

Un autre exemple, apres mon évolution j'ai eu droit à une pseudi augmentation qu'il catégorise en frais de déplacement à hauteur de 100, par ailleurs il me les payent parfois sous l'intitulé indemnités de trajets, parfois en PEPA... Je ne suis pas le seul dans ce cas.

Aussi tout les employés passent pas des contrats AFPR via le pôle emploi et même un employé qui a quitté notre boîte, est revenu et s'est vu à nouveau contraint d'effectuer un AFPR...

Merci d'avance pour vos réponses