Anualisation, temps de travail et arrêt maladie

 Je suis agent dans une communauté de communes qui viens de passer en anualisation en début d'année. 
Dans la com com nous sommes 3 à faire des cycles de 3 semaines avec un temps de travail de 35 heures mais sur les 3 semaines, une ne fait que 4 jours travaillés (travaillant un week end sur 3 la semaine suivante nous sommes obligé d'avoir un jour de repos en milieu de semaine pour ne pas avoir 7 jours consécutifs de travail), les deux autres sont à 5 jours. 
Il nous arrivent donc de faire des journées à 9h30 la semaine de 4 jours.
On nous a prévenu que lors d'un arrêt maladie nous serions décompté de 7h même si c'est sur une journée de 9h30. Par contre je voulais savoir si la journée de congé au milieu de la semaine de 4 jours et si l'arrêt maladie est compris dans ce jour on décomptait, ce qui, a mon sens serait logique ou alors qu'ils nous décompte 9h30 si on fait 9h30.
J'espere avoir été assez claire.
 Merci par avance de vos reponses