Arrêt maladie et Covid

Bonjour à tous, 
Je vous explique brièvement mon cas. 
J'ai fais une reconversion professionnelle avec une formation début septembre auprès du pôle emploi pour intégrer une entreprise. Je suis actuellement en cdd de 6 mois qui se termine fin mai. 
En janvier, visite d'Embauche à la médecine du travail on me trouve un problème urinaire, au final il s'avère que j'ai eu 15 jours d'arrêt pour une pielonephrite. Je reprend le travail, avec un patron qui me fait bien sentir qu'il a pas apprécié mon arrêt (à peine bonjour, toujours sur mon dos, je ne vais pas assez vite pour lui). Début février plus d'odorat un matin avant d'aller travailler, je fais un autotest positif, je le préviens par téléphone que je vais faire un Pcr pour confirmer tout ça que je le rappelle pour lui dire ce qu'il en est dès que j'ai les résultats. Le test est bien positif j'essaye de l'appeler pas de réponse je laisse un message pour lui dire que je lui ferai parvenir mon arrêt rapidement. Je reçois un sms pour me dire que c'est pas la peine que ça attendra la semaine d'après et un bon rétablissement. 
Semaine d'après je ne suis pas en état de reprendre des douleurs insoutenables dans tout le corps. Mon mari emmène donc mon arrêt initial et ma prolongation Le lundi suivant je reprend malgré des symptômes toujours bien présents. Je ne tiendrai qu'une journée tachycardie vers 16h qui m'empêche de travailler, je prend la décision de partir à 16h15, en sachant que de 16h15 à 17h15 c'est une heure supplémentaire. Je préviens mon patron que je pars sans faire d'heures supplémentaires car je ne me sens pas bien du tout, que j'ai du reprendre un peu trop tôt. J'ai eu droit à une phrase que je n'ai pas relevé sur le coup mais qui me fais très mal aujourd'hui à culpabiliser de mon état, à savoir que j'avais déjà eu 15 jours de repos alors que d'autres qui ont eu le covid en une semaine c'était fini. Je n'ai pas pu rentrer toute seule chez moi impossible de conduire. 
Je n'ai pas eu un covid sévère, mais il s'avère aujourd'hui que je suis diagnostiquée covid long par mon médecin. Et en début de semaine elle a même trouvé une dégradation de mon état général. (brouillard cérébral, mal aux articulations, décharges électriques). Mon mari a toujours apporté mes prolongations d'arrêts le jour même. Mais à chaque fois, il se retrouve face à un patron infecte, qui dit que je pourrai avoir la decense de le prévenir avant que je serai prolongé, que ça me prend pas le matin même. Qu'un SMS c'est pas compliqué, enfin j'en passe. Jusqu'à présent ouvrir une bouteille était compliqué mais grâce à mes séances de kiné je retrouve un peu de mobilité. Mais mon brouillard cérébral est plus compliqué à gérer et j'hésite à appeler mon patron ou même lui envoyer un message de peur de pas trouver mes mots et qu'il s'en serve contre moi. Une collègue m'a dit que pour eux je n'étais pas malade. Je ne comprend pas son acharnement sur moi en plus si je pouvais physiquement y retourner j'y serai déjà au lieu de toucher 400 euros par mois.

Dois-je prévenir avant que je serai prolongé dans mon arrêt ? Je ne suis pas médecin, ce n'est pas moi qui décide. 
Dois-je contacter ou me déplacer pour qu'on arrête de dire que je suis malade imaginaire ? 
Prendre rendez-vous avec la médecine du travail ? 

Je suis fatiguée de mon état de santé mais fatiguée également de tous ces à côté. 

Merci de m'avoir lu. 
Bien cordialement.