Licenciement pour inaptitude après ou pendant arrêt maladie ???

Bonjour, 
Je suis en arrêt maladie depuis plus de 18 mois. La cause de la maladie n'est pas professionnelle. Le médecin hospitalier qui me suit m'a demandé de contacter la médecine du travail pour "une réevalution professionnelle" et m'a dit, lors du rdv médical suivant que je rentrais dans le cadre d'une inaptitude au poste. Elle m'a aussi dit que je devais envisager des actes de chirurgies. Donc j'ai demandé comment je pouvais envisager de trouver un travail ou une formation dans un autre domaine professionnel si je devais envisager des chirurgies donc arrêts maladies à prévoir...
Réponse : on vous mettra encore en arrêt...
Sur ce, je suis allée voir la médecine du travail qui a lancé une procédure d'inaptitude au poste (la procédure est en cours) et le médecin du travail a été clair : je dois demander aux médecins de ne pas renouveler mon arrêt de travail lorsque celui ci prendra fin (30 Septembre) pour que la procédure puisse suivre son court sans être bloquée par un renouvellement d'arrêt. 
J'ai été voir un syndicat pour tenter de me renseigner sur mes Droits sur le  licenciement pour inaptitude et le monsieur du syndicat m'a dit le contraire du médecin du travail. C'est à dire que le médecin hospitalier peut me renouveler mon arrêt sans que cela gêne la procédure d'inaptitude en cours. 
Du coup, je ne sais plus qui croire...

Ce qui complique peut-être encore plus les choses, c'est que le service médical de la sécurité sociale a estimé cet été en Juillet que mon arrêt n'est plus médicalement justifié et m'a coupé mes IJSS ! Cela avant même que j'ai pu voir le médecin du travail (alors que mes démarches étaient en court pour obtenir RDV). J'ai fait une contestation mais les délais sont longs.

Donc si quelqu'un peut me renseigner, je suis preneuse
Merci d'avance