Indemnités transport durant congés payés

 Je sollicite votre aide car récemment j'ai pris une semaine de congés mais je suis allé travailler tout le reste du mois. Payant un forfait Navigo annuel, je suis normalement remboursé à hauteur de 50% tous les mois. Cependant, j'ai constaté que ça n'a pas été le cas le mois où j'ai posé mes congés et l'employeur justifie cela en disant qu'il n'a pas a payer mon titre de transport durant les congés bien que je l'ai utilisé plus d'une fois le même mois pour me rendre sur le lieu de travail.
N'ayant jamais été confronté à ce genre de situation avec d'autres employeurs, je me demande si cela est légal et s'il a le droit de faire cela ?
Je vous remercie pour votre aide.