Modulation absence enfant malade

 Je travaille à temps plein dans une entreprise qui utilise la modulation du temps de travail avec accord d'entreprise. 
J'ai été absente une journée car mon enfant était malade. J'ai fourni un justificatif du médecin à mon employeur. 
Cette journée a été retiré de ma paie car non rémunérée, mais a aussi entrainé des heures de modulation négatives, qui seront donc à récupérer. 
J'ai appris qu'il en était de même lorsque nous étions en congé parental à temps plein, les heures seraient à récupérer (autant dire que c'est impossible...) 

Est-ce légal ? 

Je vous remercie pour vos réponses.