Temps de travail

Bonjour, ma responsable hiérarchique modifie mes horaires de fin de poste sur le système de pointage de notre socièté. Si je pointe à 13h et qu'elle estime que je ne devais pas finir à cette heure là elle modifie pour remettre ma fin de de poste à 12h48 car j'ai un contrat qui stipule que je dois faire 39h ( sur mon contrat, il est aussi noté que mes horaires sont de 5h00/13h00), elle ne veut pas que je fasse des heures supplémentaires tant qu'elle n'a pas décidé que cela serait nécessaire. As-t-elle le droit de faire cette modification et si il m'arrive quelque chose sur mon temps de trajet comment cela se passe?