Calcul des récupérations

Bonjour, lié à mon entreprise par un contrat de 35 heures hebdomadaires indiquant les horaires suivants 9h-12h30/14h-17h30, je bénéficie d'horaires variables (arrivée possible entre 7h30 et 9h-pause déjeuner entre 11h45 et 14h et départ entre 16h30 et 18h30). Ne souhaitant pas prendre plus que la pause légale de 45 minutes le midi, mon employeur qui exige une amplitude horaire large pour mon poste (après 18h) a décidé de nouveaux horaires pour moi et me propose de réaliser 8h sur 4 jours - sans avenant mais par notification mail seulement - (lundi/mardi/jeudi/vendredi) et 3h sur une demi-journée (mercredi) lissant ainsi ma semaine sur 4 jours et demi. En réalité le temps travaillé dans mes journées diffère et dépasse souvent les 35h hebdomadaires. 
Comment mes récupérations sont-elles calculées ? Pour mon employeur la récupération de la demi-journée est de 4h et la journée entière de 8h. Pour moi le calcul d'autres peut-être lissé sur 35 heures et donc la récupération de la demi-journée doit être de 3h30 et la récupération de la journée entière de 7h. Le service comptable m'assure que cela ne change rien. Je pense toutefois que mes RTT sont impactés d'une heure avec ce calcul. Pourriez-vous me dire quelle est la base à prendre en compte et si le pointage assure une sécurité ?

Vous remercions pour votre conseil.
Cordialement