Épilepsie non reconnue, permis provisoire

 Suite à 2 ans de traitement d'épilepsie no  reconnue, le neurologue me demande d'arrêter mon traitement. Pendant ces 2 ans j'étais en permis provisoire pour cause médicale. 
Je vais donc voir le médecin de la préfecture, avec le courrier du neurologue lui informant de l'arrêt. Le médecin refuse de me donner le permis définitif car un mot dans le courrier le fait douter de la certitude d'une épilepsie ou non.
De plus, il me précise qu'en cas d'arrêt de traitement je dois m'arrêter de conduire pendant 2 mois, puis refaire un EEG et si il est bon, il me donnera mon permis. En a t'il le droit ?
D'avance merci des réponses et de votre aide. Delphine