Déclaration en retard d'une activité de location d'un studio meublé

Bonjour,
Je suis un particulier. Je loue un studio meublé depuis 2018.
Je viens seulement d'enregistrer mon l'activité de LMNP aux greffes du tribunal de commerce, (avec donc un peu plus de trois an de retard) parce que j'ignorais totalement que je devais le faire.
(Au départ ce studio était simplement pour loger on fils, puis comme il est parti étudier dans une autre ville, je l'ai mis en location sans penser qu'il me fallait faire cette démarche. D'autant plus que j'étais au plus fort d'une dépression, et pas capable bien clair intellectuellement parlant). 
Etant donné que s'enregistrer aux greffes du tribunal de commerce revient à créer une entreprise individuelle, cela veut dire que je dois payer trois ou quatre années de cotisation foncière des entreprises, ce qui est normal. Je m'attends également à payer des pénalités.
Quelqu'un a-t-il rencontrer ce problème et me dire ce à quoi je dois m'attendre?
(J'ai bien sûr déclaré ces revenus de la location sur la déclaration des revenus. C'est le CFE en retard qui pose problème).
Merci pour votre aide.